Burgiba natomiast rozpoczął polityczne i społeczne reformy wzorowane na doświadczeniach państw europejskich. Mimo że jego dążenia miały charakter laicki, jako że uznawał islam za siłę hamującą rozwój kraju, stanowiły kompromis z przekonaniami religijnymi społeczeństwa.
Efektem tych poglądów była reforma szkolnictwa muzułmańskiego. Przekształcono uniwersytet przy meczecie Az-Zajtuna w Tunisie, gdzie kontynuowano jedynie nauczanie prawa muzułmańskiego i prowadzono badania nad literaturą arabską, szkoły koraniczne zamieniono na średnie szkoły arabskie, część uprawnień sądów religijnych przekazano sądom świeckim, zaś ponad 60 tys. hektarów ziemi należącej do meczetów i instytucji religijnych skonfiskowano. Pozbawienie przywódców religijnych wpływu na kształtowanie postaw społecznych było warunkiem postępującej modernizacji kraju.
Burgiba stał się również zwolennikiem zmian roli kobiety w społeczeństwie – uchwalony w 1956 r. Kodeks Praw Cywilnych, zabraniający poligamii i kończący z praktyką rozwodów przez prawne zerwanie „umowy”, to początek emancypacji kobiet w Tunezji. Prezydent obwołał hidżab „wstrętną szmatą” i zabronił używania go w szkole, co było częścią intensywnej kampanii skierowanej przeciwko noszeniu strojów uważanych za poniżające.
Gdy jednak w 1960 r. Burgiba-uznając post od świtu do zmierzchu za szkodliwy dla gospodarki z powodu jego ujemnego wpływu na wydajność pracowników – zaczął nakłaniać robotników do nie uczczenia Ramadanu, spotkał się z ostrym sprzeciwem przywódców religijnych. Oficjalnym argumentem za nie przestrzeganiem Ramadanu było stwierdzenie, iż Tunezyjczycy – jako że walczyli w „świętej wojnie” (dżihad) przeciwko ubóstwu – otrzymali rozgrzeszenie proroka Mahometa. Prorok bowiem zwolnił od postu wojowników zaangażowanych w dżihad, aby nie tracili sił potrzebnych do zwalczania wroga.
Niestety, przywódcy religijni nie przełknęli tego argumentu. Zamieszki wybuchły w Kairuanie. Wywołało je przeniesienie jakiejś starszej osoby piastującej wysokie stanowisko w hierarchii religijnej, która oficjalnie wystąpiła przeciwko rządowi. Walki trwały 24 godziny, po czym zaprowadzono porządek.
Opozycja
Burgiba – pomimo sprawowania rządów autorytatywnych oraz częstej nieobecności na arenie politycznej wynikającej ze złego stanu zdrowia, nadal cieszył się poparciem społeczeństwa – toteż w 1974 r. Zgromadzenie Narodowe przyznało mu dożywotnio tytuł prezydenta.
W latach 80. na scenę wkroczyła islamska opozycja, która przybrała formę Stowarzyszenia Islamskiego, na czele z cieszącym się dużą popularnością demagogiem – Rashidem Ghannuchi. Rozczarowanie rządami Burgiby i jego partii – PSD (Partia Konstytucyjno Socjalistyczna), nazywanej do 1964r. Neo-Destaur, stało się przyczyną strajku generalnego, zwołanego w styczniu 1978 r. przez UGTT (jedyną centralą związków zawodowych w Tunezji Powszechną Tunezyjską Unią Pracy) i dramatycznych wydarzeń wprowadzenia stanu wyjątkowego, interwencji wojskowej i aresztowań.
Na nadzwyczajnym kongresie Partii Konstytucyjno-Socjalistycznej (PSD) Burgiba zapowiedział wprowadzenie systemu wielopartyjnego i wybory w 1981 r. Stowarzyszenie Islamskie przekształciło się wtedy w Ruch Tendencji Islamskiej (MTI), którego celem była walka o tradycyjne wartości islamskie. Burgiba nie miał zbyt wiele czasu na zajmowanie się opozycją jakiegokolwiek rodzaju, nie był też z całą pewnością przygotowany do akceptacji partii islamskiej, dlatego też odmówił legalizacji MTI.
Wybory byty zupełnym rozczarowaniem dla nowych partii opozycyjnych. Front Narodowy (koalicja PSD i UGTT) zdobył wszelkie mandaty, co wywołało falę niezadowolenia – opozycja oskarżała władze o sfałszowanie wyborów.
Po wyborach rozpoczęły się aresztowania liderów partii MTI na czele z Ghannuchim (uwięzieni do 1984 r.), wybuchły również społeczne zamieszki spowodowane usunięciem przez rząd dotacji do chleba, które ucichły po sześciu dniach, gdy spełniono warunki walczących. Znamienne okazały się popularne wówczas slogany: „Bóg jest wielki” i „Skończyć z Ameryką”. Wypuszczono na wolność liderów MTI, co złagodziło nastroje.
Ostatnie lata panowania Burgiby
Niekonsekwencja w polityce wewnętrznej i zagranicznej w latach 80. przyczyniła się do postrzegania Burgiby jako osoby niezrównoważonej. Podstawą takiego przekonania była niespodziewana decyzja usunięcia ze stanowiska premiera Mohammeda Mzali w 1986 r., co nastąpiło kilka tygodni po tym, jak prezydent publicznie nazwał go swoim następcą. Funkcję Mzalego sprawował przez rok Rachid Sfar, po czym drogę do władzy utorował sobie despotyczny minister spraw wewnętrznych i były dowódca generalny armii, Zin el-Abidin Ben Ali, który ostatecznie zaplanował odsunięcie Burgiby z areny politycznej.
Jako minister spraw wewnętrznych Ben Ali był odpowiedzialny za stłumienie niedawnych zamieszek opozycji islamskiej, których efektem były tysiące aresztowań. We wrześniu 1987 roku 90 osób spośród wówczas zatrzymanych (włącznie z Ghannuchim) zostało aresztowanych pod różnymi zarzutami: od podkładania bomb po konspirację w celu obalenia reżimu. Podkładanie bomb było sprawą bez precedensu. Dwunastu turystów doznało obrażeń wskutek wybuchu bomb w hotelach w Susie i Monastyrze, do spowodowania których przyznała się proirańska organizacja islamska Dżihad. Rząd jednak winą obarczył MTI chociaż większość z jej członków oskarżonych o sabotaż przebywała w więzieniu.
Sąd wydał 7 wyroków śmierci; Ghannuchiego skazano na ciężkie roboty. Burgiba domagał się kary śmierci dla wszystkich oskarżonych, a ponieważ nie był zadowolony z werdyktów sądowych, zażądał do 16.11.1987 r. przeprowadzenia ponownych procesów, skazania Ghannuchiego i 15. innych.
Rozwój wydarzeń nie przebiegał zgodnie z oczekiwaniami Ben Alego. Uwięzienie Ghannuchiego stało się powodem walk ulicznych, obawiano się również, że wykonanie wyroków doprowadzi do powstania narodowego. 7 listopada 1987 r. Ben Ali zwołał konsylium lekarskie, które wydało orzeczenie, że osiemdziesięciotrzyletni prezydent nie jest zdolny do dalszego pełnienia swoich obowiązków. Prawdopodobnie, poza złym stanem serca, ogólnie zdrowie fizyczne prezydenta, wziąwszy pod uwagę jego wiek, było bez zarzutu. Wątpliwości budził stan psychiczny Burgiby. Burgibę przez jakiś czas trzymano w odosobnieniu w jego pałacu w Kartaginie, potem oficjalnie przeniesiono w „stan spoczynku” i umieszczono w pałacu nie opodal Sfaksu, gdzie przebywa do dzisiaj.
Najistotniejszymi osiągnięciami rządu Burgiby było wytworzenie mocnej więzi narodowej oraz wzrost standardu życia, który postawił państwo na szczycie krajów rozwijających się.